Junto con la vecina zona de El Trapiche (fuera del parque), Casa Blanca llegó a ser el centro de un importante señorío maya temprano, de finales del período Preclásico Tardío (aproximadamente entre 200 a.C. y 250 d.C.). La pirámide más grande conocida en El Salvador fue construida en el sector de El Trapiche, y frente a ella se colocó una estela cuyo texto fue borrado en la remota antigüedad. Otra estructura de esa época (investigada antes de su destrucción) contenía los restos de más de 30 personas, aparentemente sacrificados; es posible que hayan sido cautivos de una de las campañas de guerra conducidas por este antiguo reino.
Aunque esto fue el auge de Casa blanca, el sitio ha aportado evidencia de actividad humana anterior y posteriormente. Las primeras evidencias se remontan a casi 5,000 años, y consisten en el registro de polen de una pequeña laguneta en la zona que indican la destrucción del bosque primario seguido por el cultivo de maíz, señalando de forma dramática la introducción de agricultura intensiva en la región, y el establecimiento de vida en aldeas que dio pie a las civilizaciones mesoamericanas. Los hallazgos más tardíos en Casa Blanca son de entierros con ofrendas, del período que cierre con la invasión de los españoles, el Posclásico.
El Gobierno compró el área de Casa Blanca en 1977. Después de varios años de labores en la creación de infraestructura por el Proyecto Arqueológico de El Salvador de la Universidad de Nagoya, Casa Blanca fue inaugurado como parque en 2004.
Plano del Parque Arqueológico Casa Blanca, indicando las Estructuras 1 a 6 (adaptado de un plano elaborado por el Proyecto Arqueológico de El Salvador de la Universidad de Nagoya). Se indica el sendero arqueológico (interpretativo) en azul.